În 1888, la aproape 150 de ani de la trecerea în neființă a ctitorului ei, Biserica Stavropoleos ajunsese realmente în paragină.
Totul, din pricina parvenitismului egumenilor Prea sfințitului Ioanichie (Kir Partenie, Kir Matei Ierapoleos, Kiril, Timoteiul Arhiereul, Kir Pahomie, Timoteiu Arhimadritul sau Kir Leontie), a legii lui Cuza, care a vizat secularizarea averilor mănăstireşti (1863), dar și ca urmare a cutremurelor care au zgâlțâit Capitala, cel mai puternic seism fiind cel din 1802, acesta punând la pâmânt turle multe și provocând prăbușirea parțială a Turnului Colței, și cea totală a Mănăstirii Cotroceni. Cupola octogonală, având 8 ferestre și o cornișă, dărâmată în 1841, avea să fie refăcută de către arhitectul Ion Mincu, la începutul veacului trecut, iar curtea interioară, cu superba galerie de arcade, adăugată tot atunci. A fost prima și cea mai importantă operațiune de restaurare a bisericii de la clădirea ei. În cartea „Bucureștii”, Olga Greceanu aprecia că „frumusețea arhitecturală a Bisericii Stavropoleos se datorează în primul rând celor 25 de arcade repetate – la început au fost doar 7 – care merg una după alta făcând ocolul clădirii. La interior, totul este dantelă, bijuterie, finețe. Tâmplăria se prezintă ca o minunată unitate arhitecturală, inocografică și decorativă. Ca toate iconostasele noastre, ea are un caracter arhiectural foarte pronunțat, motivele sculptate fiind crinul, vița de vie, clopoțelul și campanula. Biserica Stavropoleos, cu toată simplicitatea formelor, cu toată modestia proporțiilor, întrece tot ceea ce noi avem în materie de artă veche în Capitală”.
Material realizat în cadrul „București-Centenar” – Program Cultural derulat de Primăria Municipiului București prin Administrația Monumentelor și Patrimoniului Turistic