Asociația Judecătorilor pentru Apărarea Drepturilor Omului acuză patru erori grosolane ale Comisiei Europene în cazul SIIJ. Conform AJADO, susținerile Comisiei Europene în fața CJUE cu privire la SIIJ ”sfidează faptele, argumentele, logica și legea, fiind atât de absurde și lipsite de profesionalism încât ar trebui să conducă la concedierea birocraților responsabili pentru astfel de aberații menționate într-un act oficial european”.
Judecătorii din țară spun că cei de la CE au prezentat erori grosolane, eronate și părtinitoare, ce puteau fi evitate cu ușurință de Comisia Europeană dacă s-ar fi raportat cu bună credință și numai la informațiile publice. Printre cele mai grave aberații sunt: „Deși a fost creată în cadrul PG, Secția a dobândit o largă autonomie ca urmare a adoptării OUG care a eliminat subordonarea ierarhică a procurorul-șef al Secției față de Procurorul General al țării”. ”Afirmația contravine prevederilor legale în vigoare, care spune în mod clar că SIIJ se înființează și funcționează în cadrul Parchetului de pe lângă Înalta Curte de Casație și Justiție. În plus, reglementarea SIIJ susține că toate structurile de parchet sunt egal subordonate ierarhic Procurorului general, fără a există nici o excepție cu privire la SIIJ,” susține AJADO. Cei de la Asociație spun că Secția este prima structură de parchet specializată în urmărirea penală a unei categorii profesionale, magistrații, reprezentând o excepție de la practica actuală, în sistemul judiciar român, de a organiza structuri specializate de parchet în funcție de tipul de infracțiuni investigate. Asociația susține că oficialii de la Comisia Europeană au o percepție greșită deoarece Curtea Constituțională a clarificat acest aspect, unde a subliniat că „stabilirea unor reguli speciale de competențe cu privire la o anumită categorie de persoane nu reprezintă un element de noutate în actualul cadru normativ procesual penal”.